本校は、新しい学びを目指す単位制高等学校として三田の地に設立されました。
イタリア初期ルネッサンス風の校舎は「学びの館」と呼ぶにふさわしく、ここに集う高い理想を胸にした若人が、 この学びの舎の空に浮かぶ「祥雲（めでたい雲）」 のように明日の世界に広がりわたり、社会の各分野で活躍・貢献 する人材となることを願い、三田祥雲館高等学校と命名されました。

中央に配した「S」の字は、三田市と祥雲館の頭文字を表すとともに、無限大（∞）を意味し、無限に広がる学びの空間を表現しています。
三つの楕円は、本校の校訓である自律・創造・敬愛を表すとともに、大空に浮かぶ祥雲（めでたい雲）をイメージしており、この校訓をもとに学んだ本校の卒業生が世界に広がり、社会に貢献することの願いが込められています。

このデザインは、 藤井淳一兵庫県立近代美術館指導主事（作成時の職名）によるものです。